สมาคมแพทย์คลินิกไทยเริ่มต้นจากการรวมตัวกันของคณะกรรมการแพทย์สมาคมศัลยกรรมและเวชศาสตร์เพื่อ
การเสริมสวยประเทศไทย  ก่อตั้งเป็นชมรมแพทย์ผู้ประกอบวิชาชีพเวชกรรมคลินิก  เมื่อปี 2549 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อ
เป็นผู้แทน ของเพื่อนแพทย์ที่ประกอบวิชาชีพเวชกรรมที่คลินิกส่วนตัว ในการสมัครเป็นกรรมการแพทยสภา  ซึ่งได้ร่วมกับชมรมแพทย์เพื่อวิชาชีพแพทย์ทำให้พันตำรวจเอกนายแพทย์อรรถพันธ์ พรมณฑารัตน์(ยศขณะนั้น)ซึ่งเป็นนายกสมาคมศัลยกรรมและเวชศาสตร์เพื่อการเสริมสวยประเทศไทย  และรับราชการเป็นรองผู้บังคับการวิทยาลัยพยาบาลตำรวจ  ได้รับเลือกตั้งจากเพื่อนแพทย์ทั่วประเทศให้เป็นกรรมการแพทยสภาในวาระปี  พ.ศ. 2550-2552  โดยได้ใช้นโยบายของชมรมแพทย์เพื่อวิชาชีพแพทย์ คือ  แพทย์ที่ประกอบวิชาชีพเวชกรรม  โดยไม่ได้เจตนาจะทำร้ายคนไข้  ไม่ควรต้องรับโทษทางอาญา  เพราะการประกอบวิชาชีพแพทย์มีความสลับซับซ้อน โรคต่าง ๆ ในคนไข้แต่ละคนมีอาการหนักเบาไม่เท่ากัน  และสถานที่ประกอบวิชาชีพเวชกรรมแต่ละแห่งก็แตกต่างกัน ถ้าหากแพทย์ที่ประกอบวิชาชีพเวชกรรมโดยสุจริต  ตั้งใจตรวจรักษาคนไข้ จะต้องติดคุกในกรณีเกิดจากการตรวจหรือรักษาคนไข้ผิดพลาด  ต่อไปจะไม่มีใครอยากมาเรียนแพทย์ กันอีกแล้วเพราะผู้ปกครองก็ไม่ต้องการให้ลูกตนเองเรียนแพทย์และติดคุกในอนาคตอย่างแน่นอน โดยปกติคนไข้สามารถฟ้องร้องแพทย์ทางคดีแพ่งหรือตาม
พระราชบัญญัติวิธีพิจารณาคุ้มครองผู้บริโภคได้อยู่แล้ว และก็เป็นต้นเหตุทำให้แพทย์ท้อถอยหมดกำลังใจไปส่วนหนึ่งโดยลาออกไปประกอบวิชาชีพอื่น และเป็นตัวอย่างให้นักศึกษาที่สอบเข้าแพทย์ได้หรือขณะกำลังเรียนแพทย์อยู่แล้วลาออกไปเรียนคณะอื่น ๆ ที่มิใช่แพทย์, ทันตแพทย์อย่างมากมายในแต่ละปี   เพราะการทำอาชีพแพทย์ของแพทย์บางคนได้เพียงเงินเดือนจากโรงพยาบาลรัฐบาลก็อาจถูกฟ้องเรียกค่าเสียหายอย่างมากมายเป็นหลักหลายสิบล้านบาทได้ (แพทย์อาจถูกไล่เบี้ยจากหน่วยงานต้นสังกัด)หรือแพทย์เอกชน ได้ค่าตรวจรักษาเพียงเล็กน้อยแต่มูลค่าฟ้องทางแพ่งสูงเกินค่าตอบแทนการรักษาของแพทย์เป็น 100-1000 เท่า แล้วแพทย์จะเอาเงินที่ไหนไปจ่ายให้ละครับ  รวมเงินเดือนตั้งแต่เป็นแพทย์จบใหม่จนวันถูกฟ้องก็ยัง
ไม่พอจ่ายเลยครับและอาจกลายเป็นปัญหาทางสาธารณสุขในอนาคตต่อไปได้
         แม้ว่าจะตามอย่างแพทย์ในสหรัฐอเมริกา โดยมี การประกันการชดใช้ค่าเสียหายโดยบริษัทประกันสุขภาพ  ค่าเบี้ยประกันที่จะคุ้มครองวงเงินค่าฟ้องร้อง ทางแพ่งสูงมากจนแพทย์ไม่สามารถจ่ายเบี้ยประกันได้ จนทำให้แพทย์ในสหรัฐอเมริกาเลิกอาชีพแพทย์ไปเลย เช่น สูตินรีแพทย์ เป็นต้น ซึ่งต่อไปแพทย์ไทยอาจจะเปลี่ยนอาชีพหรือลาออกอยู่กับบ้านเฉย ๆ ไม่ต้องเสี่ยง
ต่อการเสียเงินอย่างหมดเนื้อหมดตัว
        ในปี 2551 คณะกรรมการแพทย์ของสมาคมศัลยกรรมและเวชศาสตร์เพื่อการเสริมสวยประเทศไทย   ได้ร่วมกันก่อตั้งเป็นสมาคมแพทย์คลินิกไทยและจดทะเบียนเป็นที่เรียบร้อยแล้วเมื่อ  2 ตุลาคม 2551 โดยมี พลตำรวจตรีนายแพทย์ อรรถพันธ์  พรมณฑารัตน์  เป็นนายกสมาคมแพทย์คลินิกไทยและรับราชการเป็นรองนายแพทย์ใหญ่  โรงพยาบาลตำรวจ  และยังสมัครเป็นกรรมการแพทย์สภาอีกวาระหนึ่ง  ซึ่งจะมีการเลือกตั้งคณะกรรมการแพทยสภาในเดือนมกราคม 2552 ที่จะถึงนี้  จึงหวังว่าแพทย์ผู้ประกอบวิชาชีพเวชกรรม ที่คลินิกส่วนตัวจะช่วยกันเลือกพลตำรวจตรีนายแพทย์อรรถพันธ์ พรมณฑารัตน์ เป็นกรรมการแพทยสภาอีกวาระหนึ่งของปี  2552-2554  พลตำรวจตรีนายแพทย์อรรถพันธ์  พรมณฑารัตน์  และคณะกรรมการของสมาคมแพทย์คลินิกไทย มีปฏิธานอันแน่วแน่ที่จะช่วยเหลือดูแลแพทย์ที่ทำคลินิกส่วนตัวให้มีสิทธิต่าง ๆ ตามควรแก่ตน และเสมอภาคกับแพทย์ที่ทำงานในภาคเอกชน เช่น โรงพยาบาลเอกชน  ตลอดจนแพทย์โรงพยาบาลรัฐบาล